1、 有些代理记账公司没有与委托单位签订正式的委托代理合同，对双方的权利、义务缺少明确的规定，在实际工作中遇到异议时，往往无法分清责任。因此在选择代账公司的时候，企业就要更加谨慎。
2、个别 “代理记账公司”没有代理记账资质（市财政局批准的代理记账许可证、会计上岗证等），发生问题可以回避责任，损害委托单位的利益。这也是小企业在选择代账服务公司时必须要注意的事项。
3、 财务软件需要到财政局备案方可使用，有的代理记账单位没有采用财政部批准的财务软件来替代手工记账。
4、 会计资料交接麻烦、不够规范。代理记账单位在接受委托单位的会计原始凭证及资料时，没有办理交接手续，发现遗失或毁损时无法查找。
5、代理记账单位通常是定期或定时上门服务，日常业务可通过电话沟通，会计不是随时在单位办理和咨询业务
代理记账机构及其从业人员的义务：
（1）按照委托合同办理代理记账业务，遵守有关法律、行政法规和国家统一的会计制度的规定；
（2）对在执行业务中知悉的商业秘密应当保密；
（3）对委托人示意其作出不当的会计处理，提供不实的会计资料，以及其他不符合法律、行政法规和国家统一的会计制度规定的要求，应当拒绝；
（4）对委托人提出的有关会计处理原则问题应当予以解释。
完税凭证每月月初企业成功申报后，可去银行打印完税凭证，不能在银行打印完税凭证的应去税务机关打印。取得凭证后及时入账，冲减上月计提税金或直接记入当月费用（如印花税等不需要预先计提的税金，在取得时直接记入费用）。
做好费用计提及摊销做好每月固定发生的计提业务，如固定资产计提折旧、无形资产摊销、水电费计提、工资计提以及以工资为基数计提的福利费、教育经费、工会经费等，做到不漏提也不多提；对存在需要摊销的费用如开办费、材料成本差异等每月摊销的费用，及时做好摊销分配凭证。